Dalla seconda metà del Seicento, Verona divenne una tappa di rilievo nel percorso del circuito teatrale nell'Italia settentrionale: mentre l'Arena era ambita durante l'estate per le compagnie della Commedia dell'Arte, il melodramma si era conquistato un pubblico fedele, specie nelle stagioni di carnevale e in autunno. Nonostante fossero sorte in città numerose sale "all'italiana", agli inizi del Settecento la realtà teatrale di Verona risultava ancora scomoda, inadatta a ospitare cerimonie e feste di rappresentanza pubbliche e private, poco "signorile" secondo i termini usati dal Maffei. Per questo motivo si pensò quindi di offrire a Verona un teatro degno ed ampio, ma fu solo nei primi del '700 che quest'idea iniziò a prendere realmente forma grazie all'interessamento dell'Accademia Filarmonica, antica associazione di appassionati di musica istituita nel 1543, del Senato Veneto e dei soci nobiluomini.
Attuare un simile progetto significava certo un'impresa ardua a causa delle difficoltà economiche, della scarsa collaborazione della città e degli screzi tra i soci, ma ciò non impedì al Maffei, uno dei massimi animatori dell'Accademia, di far iniziare i lavori nel 1716.
I dirigenti dell'Accademia Filarmonica chiamarono a Verona Francesco Galli, detto il Bibiena, considerato allora "l'universale architetto dei teatri" tanta era la sua fama e bravura, il quale elaborò un progetto che venne immediatamente accettato. La costruzione, affidata all'ingegnere veronese Lodovico Perini, durò complessivamente 13 anni. L'inaugurazione del Teatro ebbe luogo la sera del 6 gennaio 1732 con la rappresentazione del dramma pastorale La Fida Ninfa che il concittadino Scipione Maffei scrisse per la musica di Antonio Vivaldi.

La stagione d'opera al Filarmonico divenne il massimo avvenimento artistico e mondano della città. Per anni e anni i cocchi muniti di torce portavano dame e gentiluomini all'opera e le rappresentazioni assicuravano affari d'oro. Ma nella notte del 21 gennaio 1749, poco dopo il termine di uno spettacolo, a causa di una torcia dimenticata nel palco del marchese Spolverini, il teatro si incendiò quasi completamente. A Venezia circolarono sonetti ironici sull'accaduto, poiché il fuoco si sprigionò da uno dei palchetti dei nobili veronesi, veri e propri salottini privati dove l'aristocrazia veronese era solita trascorrere molte ore prima e dopo lo spettacolo tra rinfreschi, giochi di carte e corteggiamenti.

L'Accademia Filarmonica decise subito la ricostruzione del teatro affidandola all'architetto Paglia, che si attenne fedelmente al disegno originario del Bibiena. La riapertura avvenne nel 1754 con l'opera Lucio Vero di Apostolo Zeno musicato dal portoghese David Perez, opera che ebbe un esito poco felice. Per trovare qualche memoria, nei cronisti del tempo, d'uno spettacolo veramente superbo bisogna arrivare al 1765 con l'Antigone del Metastasio con musiche di Giuseppe Sarti da Faenza. Alla fine del XVIII secolo vi ebbero luogo avvenimenti legati alla vita politica della città. La Rivoluzione Francese, le varie dominazioni della città da parte francese e austriaca susseguitesi nella prima metà del XIX secolo videro il Teatro Filarmonico sede di festeggiamenti e di grandi esecuzioni come la Cantata per la Santa Alleanza di Gioachino Rossini, composta per il Congresso delle Nazioni tenutosi a Verona nel 1822.

Nel periodo che seguì, il teatro rimase annualmente aperto, specie nella stagione di carnevale. Il suo palcoscenico ospitava i cantanti e gli attori più famosi dell'epoca e le maggiori personalità sulla scena culturale e politica assistettero alle rappresentazioni. Il repertorio vantava i più noti melodrammi di compositori italiani e stranieri e per questi spettacoli di alto livello avevano spesso una grande eco anche fuori Verona.

In questi tempi d'oro arrivò purtroppo un nuovo imprevisto: nella tragica notte del 23 febbraio 1945, durante un bombardamento, il Filarmonico venne quasi completamente distrutto. La reazione a questa sciagura fu pressoché immediata: l'Accademia annunciò ufficialmente che avrebbe tentato di ricostruire il teatro secondo il suo aspetto originario. Successivamente venne esposto al pubblico il relativo progetto elaborato dall'arch. Vittorio Filippini, ispiratosi alla linea del "Bibiena". Dopo i lavori di restauro, durati complessivamente dieci anni, il Teatro risorse quindi per merito di un gruppo di appassionati, e certo, coraggiosi componenti dell'Accademia Filarmonica che, resisi interpreti del desiderio unanime della popolazione veronese, vollero credere nella ripresa di una tradizione d'arte e di cultura strettamente legata alla vita di Verona. Per lo specifico accordo intercorso tra il Sindaco di Verona e l'Accademia proprietaria, il Teatro fu messo a disposizione dell'allora Ente Lirico Arena di Verona (oggi Fondazione Arena di Verona), che dal 1975 diede inizio ad una programmazione operistica, di balletti e concerti.

La prima opera messa in scena nel rinnovato Filarmonico, nell'autunno del 1975, fu Falstaff, ossia le tre burle del compositore Antonio Salieri, nativo di Legnago, paese nel territorio veronese. Il Teatro Filarmonico non era però soltanto sede deputata ad ospitare spettacoli lirici, nell'intento di affiancare all'opera gli altri elementi del teatro musicale, venivano infatti organizzati innumerevoli manifestazioni concertistiche e di balletto.

Oggi come allora il programma che viene proposto per la stagione invernale al Filarmonico è estremamente ricco di eventi artistici. Negli ultimi anni sono state sviluppate iniziative tese a coinvolgere un pubblico sempre più vasto, dai pensionati agli studenti: un ulteriore passo per consolidare il ruolo di centro di cultura che il Teatro ha per la città di Verona.